Shkupi përsëri në mesin e qyteteve më të ndotura në botë. Sipas faqes për cilësinë e ajrit në nivel botëror, IQAir, mëngjesin e sotëm kryeqyteti I Maqedonisë së Veriut u gjet në top 30-tëshen e qyteteve më të ndotura në botë. Përveç shkupjanëve, ajër të jocilësorë thithin edhe qytetarët e Kërçovës, Manastirit, Gostivarit dhe Gjevgjelisë. Problemi me ajrin e ndotur në kryeqytet është një problem tashmë një kohë të gjatë. Ajri shpesh është i pasigurt për grupet e ndjeshme, por në disa raste, grimcat e dëmshme në ajër tejkalojnë kufijtë, duke bërë që ajri të jetë i pasigurt për të gjithë qytetarët. Akoma nuk ka ndonjë masë konkrete për përmirësimin e situatës.